Joki tulee Venäjän Karjalasta, virtaa mutkitellen suurten soiden välissä ja palaa sitten takaisin Venäjän puolelle.

Koitajoki saa alkunsa rajaseudun pienistä järvistä. Suomen itäisimmässä kolkassa, Ilomantsin itäosassa, Koitajoki virtaa Suomen puolella vajaan 30 kilometrin matkan ja jatkaa sitten kulkuaan takaisin itärajan taakse. Selvyyden vuoksi tätä Koitajoen osaa kutsutaan tässä jutussa Ylä-Koitajoeksi.