Suomen puolelta tulee Perämereen vuosittain keskimäärin lähes 2 000 kuutiometriä vettä joka sekunti. Jokivesien mukana kulkeutuu aineksia, joiden liikkeelle lähtemistä sateet ja maan muokkaaminen lisäävät.
Kalajoelta Kuivajoelle ulottuvalla alueella ihmisen toiminta on lisännyt mereen päätyvän fosforin määrää yli 500 ja typen määrää 9 500 tonnilla vuodessa. Runsas vuosi sitten tehdyssä pintavesien tilan arvioinnissa saatiin viitteitä rannikkovesien ekologisen tilan heikentymisestä.
Rannikon tuntumaan sijoittuvat myös heikoimmassa tilassa olevat sisävedet.