Tietoturvaa sähköinen henkilökortti tarjoaa pelkkää salasanaa enemmän, koska salasanan kirjoittamisen lisäksi tunnistamiseen tarvitaan kortin käyttämistä. Antamalla kortin lukulaitteen lukea kortin tiedot ja kirjoittamalla kortin PIN-koodin käyttäjä pääsee tunnistettuna viranomaisten palvelujärjestelmiin.
Kortti sisältää palvelujen käyttöön salaisen avaimen, joka on tallennettu yksinomaan kortin sisälle. Edes kortin haltija ei sitä tiedä, joten avainta ei voi varastaa. Turvallisuuden vuoksi kaikki kortin suorittamat komennot tapahtuvat kortin sisällä eikä niitä lähetä, esimerkiksi linjalta kuunneltavaksi, ulkopuoliselle palvelimelle.
Kortin turvallinen käyttö pohjautuu julkisen avaimen (PKI, Public key encryption) menetelmään. Käyttäjällä on kortissa henkilökohtainen salainen avain. Julkinen avain on internetissä. Viesti salataan suuresta luvusta muodostuvalla julkisella avaimella. Sillä ei kuitenkaan voi viestiä avata, vain salata. Julkinen avain on kuin yhteen suuntaan toimiva lukko. Viestin saa auki vain salaisella avaimella, joka löytyy kortista.
Varmentaja, kuten Väestörekisterikeskus, eri viranomaisten kautta yhdistää antamassaan HST-kortissa käyttäjän salaisen avaimen myöntämäänsä julkisen avaimen järjestelmään.
Kun kortti sisältää myös sähköisen allekirjoituksen, tekstistä lasketun funktioarvon, joka salataan avaimella ja lisätään tekstin perään, korttia voidaan turvallisesti käyttää myös niissä verkkokaupoissa, jotka tarjoavat korttiin pohjautuvia kauppapalveluita.