Suomen maakuntajärvet valitaan kaikille avoimella äänestyksellä. Kaksivaiheisen äänestyksen järjestää Suomen ympäristökeskus (Syke).
Kilpailu on käynnistynyt Järviwiki-verkkopalvelussa. Siellä kansalaiset saavat esittää kilpailuun haluamiaan järviä ja perustella ehdotuksensa. Ehdotuksia voi tehdä elokuun loppuun asti myös kirjeitse.
Kisan raati valitsee ehdotuksista kullekin maakunnalle kolme ehdokasta maakuntajärveksi. Varsinainen kisa käydään niiden välillä Järviwikissä ajalla 14.-30. syyskuuta.
Jos järvi sijaitsee usean maakunnan alueella, se voi tulla valituksi maakuntajärveksi useammassa kuin yhdessä maakunnassa.