Valtiontalouden tarkastusviraston mukaan yritystuilla on aikaansaatu merkittäviä tuloksia. Viraston mukaan yritystukien vaikutuksia pitäisi kuitenkin seurata nykyistä tarkemmin.
Tukia myöntävien TE-keskusten välillä on merkittävää kirjaamisvaihtelua mm. työpaikkavaikutuksista. Tarkastusviraston mukaan syntyvien työpaikkojen määriä pitäisi arvioida jo tukia myöntäessä.
Lisäksi joissakin tapauksissa kehittämistuella on rahoitettu myös yritysten tavanomaista toimintaa. Hankkeiden omarahoitusosuus on eräissä tapauksia koostunut pelkästä lainarahasta. Tarkastusvirasto ei pidä tätä tarkoituksenmukaisena ja haluaa täsmentää ohjeita niin, että oma rahaa pitäisi aina olla mukana lainarahojen lisäksi.