Vuonna 2003 Oulun yliopisto aloitti rajun säästökuurin: kolmessa vuodessa oli tarkoitus säästää 15 miljoonaa euroa. Säästöt olivat kovemmat kuin 1990-luvun lamavuosina.
Vuonna 2004 Oulun yliopisto oli Suomen yliopistoista ainoa, jonka talous jäi miinuksen puolelle. Silloinen opetusministeri Tuula Haatainen (sd.) totesi, että Oulun yliopisto saa selviytyä talousongelmistaan yksin.
Yhtenä vaihtoehtona oli siirtää humanistinen tiedekunta Lapin yliopistoon. Sen sijaan tukku virkoja jäädytettiin ja siirrettiin säästökuurin myötä perustettuun virkapankkiin.
Tiedekunnat ovat vielä kuitenkin kovilla: myönnetyt määrärahat eivät pysy työntekijöiden palkkakehityksen tahdissa.