Tiistai-iltana 1. helmikuuta Parkinsonin tautia sairastava 84-vuotias paavi, joka oli kärsinyt ankarasta flunssasta kolmen päivän ajan, otettiin roomalaiseen Gemellin sairaalaan hengitysvaikeuksien vuoksi.
Kyseessä oli hänen seitsemäs hoitojaksonsa Gemellissä, jonne hän tuli ensimmäisen kerran 13. toukokuuta 1981 Pyhän Pietarin aukiolla tapahtuneen murhayrityksen vuoksi. Tuo oli ensimmäinen kerta, kun ketään paavia hoidettiin sairaalassa.
Sunnuntaina 6. helmikuuta 2005 Johannes Paavali II näyttäytyi Gemellin sairaalan kymmenennessä kerroksessa sijainneen huoneensa ikkunassa. Hän oli hyvin heikko, mutta kertoi argentiinalaisen avustajansa, Monsignor Leonardo Sandrin välityksellä, että hän aikoi "jatkaa kirkon palvelemista". Se oli jälleen tapa vaientaa huhut hänen erostaan. Kaikkien yllätykseksi paavi lähti sairaalasta torstaina 10. helmikuuta.
Hän matkusti viiden kilometrin matkan Gemellistä Vatikaaniin omalla kulkuneuvollaan "papamobilella". Kyse ei ollut pelkästä viestintätempusta - paavi halusi osoittaa, että hän aikoi ottaa sairauden haasteen vastaan.
Edessä oli kuitenkin pian pettymys. Toipilaan toiminta oli hyvin rajoitettua. Paaville niin rakkaat keskiviikkoaamun audienssit Roomaan tulleiden pyhiinvaeltajien kanssa jouduttiin perumaan. Torstaina 24. helmikuuta paavi sairastui uudelleen. Hän kärsi jälleen hengitysvaikeuksista, ja hänet jouduttiin viemään uudelleen kiireesti sairaalaan. Todennäköisesti hän oli lähtenyt sairaalasta edellisellä kerralla liian pian.
Halu hoitaa tehtävä loppuun saakka vei voiton lääkäreiden, erityisesti paavin henkilääkärin Renato Buzzonettin varoituksista. Torstai-iltana 24. helmikuuta Gemellin kirurgit päättivät tehdä hänelle trakeotomian. Nukutus kesti noin puoli tuntia. Paavin henkitorveen asetettiin putki helpottamaan hengitystä. Mutta putken takia hän ei pystynyt enää puhumaan, ja leikkaus teki sairaasta hyvin alttiin mikrobien hyökkäyksille.
Toinen sairaalajakso oli ensimmäistä pidempi. Lääkärien ei ollut enää yhtä vaikeaa vakuuttaa paavia siitä, että hänen tuli pysytellä sairaalassa.
Johannes Paavali II näyttäytyi ikkunassaan, tervehti Gemellin edustalle kokoontuneita pyhiinvaeltajia. Huhut hänen mahdollisesta erostaan olivat laantuneet, mutta kuurian johtajien keskuudessa vallitsi hämmennys.
Paavin yksityissihteeri Stanislas Dziwisz otti asiat hoitoonsa. Hän päätti, avattiinko paavin sairaalahuoneen ovia kirkonmiehille, muiden uskontokuntien johtajille ja italialaisille poliitikoille, jotka tulivat esittämään toivotuksiaan sairaalle.
Johannes Paavali II aloitti äänensä harjoittamisen, vaihtoi muutamia sanoja lähimpien avustajiensa kanssa, mutta ei enää pystynyt puhumaan väkijoukoille, lukuunottamatta niitä muutamia sanoja, jotka hän lausui vaivalloisesti Pyhän Pietarin aukiolla sunnuntaina 13. maaliskuuta. Joka tapauksessa hän päätti palata Vatikaaniin 10. maaliskuuta. Toinen sairaalajakso oli kestänyt kaksi viikkoa.
Paavi ei koskaan toipunut. Hän alkoi pian kärsiä anemiasta: henkitorveen asetettu putki ei estänyt häntä vain puhumasta, vaan myös nielemästä. Hän oli tiputuksessa. Hän laihtui nopeasti.
Maaliskuun 31. päivänä annetussa tiedotteessa ilmoitettiin, että paavi oli laihtunut 19 kiloa kahdessa kuukaudessa. Edellisenä päivänä lääkärit olivat päättäneet aloittaa hänen ruokkimisensa nenäletkun avulla.
Hiljainen viikko alkoi palmusunnuntaina 20. maaliskuuta. Paavi näyttäytyi ikkunassaan Pyhän Pietarin aukiolla, kivulloisena, uupuneena, pystymättä puhumaan. Se kertoi kaikille, ettei hän ollut toipunut sairaudestaan.
Johannes Paavali II oli poissa kaikista pääsiäisviikon tapahtumista, joissa häntä edustivat kuurian kardinaalit. Pitkäperjantain ristin tie toteutettiin, kuten joka vuosi, mutta ensimmäistä kertaa paavi ei ollut paikalla. Hän esiintyi vain videolla, selkäpuolelta kuvattuna.
Pääsiäissunnuntaina 27. maaliskuuta hän näytti maailmalle tuskaiset kasvot. Hän ei pystynyt lausumaan urbi et orbi -siunaustaan. Uskovat olivat järkyttyneitä, ja alkoi kiistely siitä, oliko oikein näyttää paavin tuskia suurelle yleisölle.
Mutta uskovat halusivat nähdä hänet loppuun asti, ja myös Johannes Paavali II tarvitsi uskovien tukea viimeisessä taistelussaan. Viimeisen kerran hän näyttäytyi keskiviikkona 23. maaliskuuta audienssissaan. Silloinkin pysytellen vaiti