Valtiontalouden tarkastusviraston mukaan maatalouden erityisympäristötukea pitäisi kohdentaa alueille, joissa niistä saatava ympäristöhyöty on suurimmillaan.
Tarkastusvirasto selvitti erityisympäristötuen toimivuutta ja vaikuttavuutta. Viljelijät voivat hakea ympäristötuen perusosan lisäksi tukea, joka edellyttää perustukea vaativampia ympäristönhoito- ja suojelutoimia, kuten suojavyöhykkeiden perustamista vesistöjen ja peltojen väliin. Erityistukia maksettiin vuonna 2004 noin 37 miljoonaa euroa.
Erityistuet ovat tutkimusten mukaan vaikuttavampi tukimuoto kuin perustuki. Tarkastusviraston mukaan erityistukien vaikuttavuutta heikentää erityistukien vähäinen määrä ja alueellinen hajanaisuus. Erityistukijärjestelmän pyörittäminen vaatii myös raskaan hallinnon siinä liikuteltaviin rahamääriin nähden.
Erityisympäristötuki koostuu 12 tukimuodosta, jotka pyrkivät hillitsemään maatalouden vesistökuormitusta sekä säilyttämään maatalousympäristöjen lajikirjoa sekä maatalousmaisemaa. Erityistuet on suunnattu myös luonnonmukaisen tuotannon harjoittajille.