Biopolttoaineet eivät välttämättä ole liikenteessä ilmastoystävällisempi vaihtoehto kuin fossiiliset polttoaineet, kun huomioon otetaan koko tuotanto- ja käyttöketju. Tuoreen tutkimuksen mukaan esimerkiksi kotimaisen ohraetanolin tai rypsipohjaisen biodieselin tuotanto ja käyttö saattaa lisätä kasvihuonekaasujen päästöjä verrattuna fossiilisiin polttoaineisiin.
Valtion teknillinen tutkimuskeskus ja maa- ja elintarviketalouden tutkimuskeskus vertailivat Suomen olosuhteisiin sopivia biopolttoaineita ja niiden tuotantoketjuja. Tutkimuksen mukaan toisen sukupolven metsätähde- ja ruokohelpipohjaiset biopolttoaineet olisivat huomattavasti suotuisampia kasvihuonepäästöjen kannalta kuin peltobiomassapohjaisen polttoaineketjut.
Tutkimuksen mukaan biopolttoaineiden tuotanto on nykyisellään 30-100 prosenttia kalliimpaa kuin fossiilisten polttoaineiden tuotanto.
VTT ehdottaa biopolttoaineiden tuotannon kytkemistä metsäteollisuuden tuotannon yhteyteen. Näin näyttäisi olevan mahdollista tuottaa ns. toisen polven biopolttoaineita kustannustehokkaasti.