Virolaiset asiantuntijat pitävät Nord Stream -kaasuputken kansainvälistä ympäristöselvitystä ympäripyöreänä ja riittämättömänä. Viron parlamentin ympäristö- ja ulkoasiainvaliokuntien mielestä selvitys jättää osin kokonaan olennaiset ympäristökysymykset selvittämättä.
Virolaisten mukaan esimerkiksi merenpohjassa sijaitsevia vaarallisia dioksiineja on tutkittu liian pintapuolisesti. Virolaisten asiantuntijoiden mukaan dioksiinit leviävät putken linjauksen räjäytystöissä laajemmalle, mitä selvityksessä on väitetty.
Lisäksi selvityksestä puuttuvat virolaisten mukaan Venäjän tiedot Suomenlahdessa sijaitsevista vanhoista miinoista ja vaarallisista jätteistä.
Nord Stream -yhtiö suunnittelee ottavansa käyttöön Saksasta Venäjälle kulkevan maakaasuputken vuonna 2011.