Saksan yläpuolella viime viikolla rahtikoneeseen törmänneen venäläisen matkustajakoneen ohjaamoon saatiin juuri ennen onnettomuutta ristiriitaisia varoituksia.
Saksalaiset tutkijat kertoivat, että Tupolev-koneen oma törmäyksestä varoittava järjestelmä (TCAS) neuvoi ohjaajaa lisäämään korkeutta törmäyksen välttämiseksi. Vain sekuntia myöhemmin sveitsiläinen lennonjohto kehotti ohjaajaa laskemaan korkeutta. Venäläisohjaaja noudatti kohtalokasta kehotusta, kun lennonjohto oli toistanut sen.
Onnettomuuskoneiden niin sanottuja mustia laatikoita tutkineiden saksalaisten mukaan myös Boeing-rahtikoneen törmäysvaroitin toimi ja kehotti ohjaajaa laskeutumaan.
Molempien koneiden laskettua lentokorkeutta ne pysyivät törmäyskurssilla ja osuivat toisiinsa. Turmassa sai surmansa 71 ihmistä, pääosa venäläisiä lapsia.