Varustamot ovat hävinneet oikeudessa kiistan väylämaksuista. Korkein hallinto-oikeus on hylännyt yli kolmesataa varustamojen tekemää hakemusta, jotka koskevat tullin väylämaksupäätösten purkua.
Varustamojen mukaan tulli peri ulkomaanliikenteessä liian suuria ja syrjiviä väylämaksuja. Maksu kannettiin vuosina 1999-2004 väylämaksulakien nojalla eri tavalla ulkomaan- ja kotimaanliikenteessä. Yhtiöt vaativat rahoja takaisin siltä osin, kun ne ylittivät kotimaanliikenteen aluksen maksut.
KHO:n punnitsi, pitääkö Suomen väylämaksulain mukaan sinänsä lainmukaisesti tehdyt maksupäätökset purkaa sillä perusteella, että ne yhteisöoikeuden vastaisina perustuvat ilmeisesti väärään lain soveltamiseen.
Vuosikirjaratkaisun perusteella varustamot eivät olleet hakeneet tullilta oikaisua maksuihin säädetyssä ajassa, vaikka ristiriita väylämaksulain ja EU-oikeuden välillä oli ollut tiedossa. KHO totesi, että yhtiöt ovat voineet ottaa väylämaksut huomioon hinnoitellessaan palveluja asiakkailleen.