Turkmenistanin tekojärvihanke on nostanut Keski-Aasian alueella myös geopoliittisia jännitteitä. Monet uskovat, että järvi synnytetään vaikka väkisin, sillä Turkmenistanin hallinto ei suostu kasvojen menetykseen.
Ainoa vaihtoehto järven synnyttämiseksi saattaa lopulta olla se, että runkokanavaan johdetaan vettä Afganistanin ja Tadzhikistanin vuorilta virtaavasta Amu-Darja-joesta. Tämän pelätään kuitenkin johtavan konfliktiin naapurimaan Uzbekistanin kanssa.
Kysymys Amu-Darjan veden käyttöoikeudesta on alueella haudan vakava. Neuvostoaikaisten sopimusten mukaan sekä Uzbekistanilla että Turkmenistanilla on oikeus käyttää joen vettä 22 kuutiokilometriä vuodessa, vaikka Uzbekistanissa on 22 miljoonaa asukasta ja Turkmenistanissa vain viisi.
Keinokastelun varassa elävä Turkmenistan kuluttaa jo nyt vettä lähes maailmanennätystahtia: 5 000 kuutiota vuodessa per asukas. Se on kaksi kertaa enemmän kuin Uzbekistan ja kymmenen kertaa enemmän kuin esimerkiksi aavikkomaa Israel.