Balin pommi-iskuja tutkivat viranomaiset ovat nostaneet terroristiepäiltyjen kokonaismäärän seitsemään. Tutkimuksissa on käynyt ilmi, että Jemaah islamiah -ääriryhmä osallistui yli 180 ihmisen hengen vaatineeseen verilöylyyn lokakuussa. Poliisipäällikkö Da'i Bachtiar kertoi, että Jemaah islamiahin todennäköinen johtaja auttoi toteuttamaan räjäytykset ja hän on ollut mukana myös muissa Indonesiassa tehdyissä iskuissa. Bachtiarin mukaan pommit laukaistiin matkapuhelimilla.
Vyyhti alkoi osin purkautua pidätettyjen kuulusteluissa. Jemaah islamiahin epäillyn johtajan lisäksi tällä hetkellä etsitään kymmentä muuta indonesialaista epäiltynä osallisuudesta pommi-iskuihin.
Poliisin mukaan pääepäilty on tiettävästi ollut islamistijohtaja Abu Bakar Bashirin oppilas, Bashirin poliisi otti jo lokakuussa kiinni kirkkoihin kohdistuneista hyökkäyksistä.