Tornionjoen ja Muonionjoen pääuoman veden laatua voidaan pitää pääosin hyvänä. Lapin ympäristökeskuksen ja Norrbottenin lääninhallituksen yhteistyönä on valmistunut ensimmäinen koko Tornionjoen vesistöalueen tilaa käsittelevä julkaisu.
Raportissa tarkastellaan vesistöalueen luonnonolosuhteita sekä vesistön tilaa, käyttöä ja kuormitusta. Lisäksi raportissa esitetään suuntaviivat vesistön tilan seurantojen kehittämiseksi.
Maatalous, haja-asutus ja yhdyskuntien jätevedet ovat merkittävimmät ravinnekuormittajat koko vesistöalueella. Ihmisen toiminnasta aiheutuvan kuormituksen osuus on suurin Muonionjoen alapuolisella Tornionjoella, missä asuu yli puolet alueen väestöstä.
Sen sijaan teollisuuden merkitys vesistöalueen kuormittajana on hyvin vähäinen, sillä vesistöalueella sijaitsevien suurimpien teollisuuslaitosten jätevedet johdetaan joko Kalixjoen vesistöalueelle tai Perämereen kuten myös Haaparannan ja Tornion yhteisen jätevedenpuhdistamon jätevedet.
Veden humus- ja ravinnepitoisuus kohoavat joen alaosalla, ja luokituksesta riippuen joen alaosaa voidaan pitää karuna tai lievästi rehevänä vesistönä.
Happamoituminen ei ole Tornionjoen vesistöalueella varsinainen ongelma, sillä suurin osa alueen järvistä on puskurikyvyltään kohtuullisia tai hyviä. Happamoitumisherkkiä alueita ovat osa tunturialueesta sekä Lainiojoen ja Muonionjoen välinen graniittialue.
Raskasmetallien ja orgaanisten ympäristömyrkkyjen pitoisuudet ovat alueen vesiympäristössä yleisesti ottaen alhaisia.
Selvitys toimii pohjana Tornionjoen vesistön tilan seurantojen ja velvoitetarkkailujen kehittämiselle yhteistyössä alueen ympäristöviranomaisten, kuntien, elinkeinonharjoittajien, kalastajien ja muiden kehittämistyöstä kiinnostuneiden tahojen kanssa.