EU:n direktiivien pelätään aiheuttavan Suomen terveydenhuollolle huomattavia lisäkustannuksia jätteiden käsittelyä koskevilla määräyksillä. Direktiivien pohjalta ympäristöministeriö vaatii sairaaloille ja terveyskeskuksille nykyistä selvästi kalliimpaa jätehuoltoratkaisua.
Väli-Suomen sanomalehtien Sunnuntaisuomalaisen mukaan ympäristö- ja sosiaali- ja terveysministeriö kiistelevät keskenään etenkin biojätteen kierrättämisen EU-vaatimuksista.
Sosiaali- ja terveysministeriössä pelätään, että ympäristöministeriön ylimitoitetuilla vaatimuksilla romutetaan toimiva jätejärjestelmä, joka pitää korvata ylikalliilla investoinneilla ja kuljetuksilla. Sen mielestä monet jäteasiat voitaisiin päättää kansallisesti.