Suomen uudistettu autoverojärjestelmä on edelleen EU:n komission silmätikkuna. Suomi on saanut täydentävän virallisen huomautuksen autoverojärjestelmästään joulukuussa. Hallituksen EU-ministerivaliokunta päätti perjantaina, että Suomi puolustaa nykyistä mallia.
Komissio katsoo, että Suomessa autoverosta perittävä arvonlisävero eli ELV ei ole perussopimuksen mukainen. Yksityishenkilön toisesta jäsenmaasta hankkimasta autosta perittävä ELV on komission mukaan edelleen suurempi kuin se ELV, joka sisältyy Suomessa rekisteröityyn samanlaisen käytetyn auton hintaan.
Tämä johtuu siitä, että arvonlisäverovelvollinen voi tietyin edellytyksin vähentää ELV:tä vastaavan summan arvonlisäverotuksessa.
Suomi kiistää tämän ja katsoo, että ELV:n yhteensopivuus perussopimuksen kanssa ratkaistiin jo Siilin-tuomiossa vuonna 2002.
Kiistaa on myös uudehkojen autojen verotuksesta. Komissio ei hyväksy Suomen sääntöä, jonka mukaan 3-6 kuukautta käytössä olleiden autojen katsotaan menettäneen arvostaan 0,8 prosenttia kuukaudessa. Suomi haluaa pitää tästä kiinni, mutta huomauttaa, että järjestelmä muuttuu ensi vuoden alussa.
Vuodesta 2007 eteenpäin ajoneuvoa pidetään käytettynä jos se on ollut rekisteröitynä; silloin poistuvat vähimmäisaikavaatimukset rekisteröinnille ja käytölle.
Lisäksi kiistaa on arvonlisäverosäännöistä. Komissio katsoo, että oikeus vähentää ELV on kuudennen arvonlisäverolain vastainen, koska vain tuotantopanosten perusteella maksettu arvonlisävero saadaan vähentää. Arvonlisäveroja on siten saatu vähentää liikaa ja Suomesta on siten maksettu liian vähän EU:n kassaan.
Komissio katsoo, että Suomen tulisi maksaa EU:lle puuttuvat varat viivästyskorolla lisättyinä. Suomi torjuu komission näkemyksen tältäkin osin.