Somalian islamistien nousu alkoi vuonna 1991, kun diktaattori Mohamed Siad Barre syöstiin vallasta. Tämän seurauksena somaliheimojen sharia-tuomioistuimet alkoivat täyttää syntynyttä valtatyhjiötä mm. pääkaupungissa Mogadishussa.
Tuomioistuimet yhdistivät voimansa Islamilaisten tuomioistuimien unioniksi (ICU), jonka joukot valtasivat Mogadishun Yhdysvaltain tukemilta sotapäälliköiltä kesäkuun alussa. Islamistit ilmoittivat haluavansa tuoda järjestyksen anarkistiseen kaupunkiin, pyrkivänsä vuoropuheluun Somalian heikon väliaikaisen hallituksen kanssa ja kannattavansa maltillista islamia. ICU tunnustikin väliaikaisen hallituksen laillisuuden kesäkuun lopulla.
Pian tämän jälkeen islamistit kuitenkin nostivat johtajakseen kovan linjan muslimioppineen sheikki Hassan Dahir Aweysin, joka on sekä YK:n että Yhdysvaltojen terroristilistoilla ja alkoivat vaatia Mogadishun asukkailta islamilaisten lakien tarkkaa noudattamista. Kriitikot ovat sanoneet islamistien myös suojelevan terroristiverkosto al-Qaidan jäseniä.
Somaliassa ja sen naapurimaissa pelätäänkin nyt, että ICU tavoittelee Taleban-tyylistä hallintoa.
Analyytikoiden mukaan islamistien joukot saavat rahoitusta paikallisilta liikemiehiltä sekä arabilähteistä ulkomailta. Somalian väliaikainen hallitus on syyttänyt, että rahaa virtaa myös äärimuslimeilta ympäri maailmaa, ja YK:n raportissa kerrottiin Eritrean aseistavan islamisteja.