Sikiön rakenne- ja kromosomipoikkeavuuksien seulontamenetelmät vaihtelevat huomattavasti kunnittain. Käytännöt vaihtelevat usein jopa saman sairaanhoitopiirin sisällä, ilmenee Stakesin tuoreesta raportista.
Eroja on muun muassa siinä, missä tutkimus tehdään ja kuka sen tekee. Mahdollisuus tunnistaa esimerkiksi rakennepoikkeavuuksia ultraäänitutkimuksella vaihtelee laitteiston, tutkijan kokemuksen, seulonta-ajankohdan ja epämuodostuman vaikeusasteen mukaan.
Perusterveydenhuollossa yhtenäisten suositusten puuttuminen on koettu ongelmaksi. Erot kuntien välillä ovat raportin mukaan johtaneet epätasa-arvoon ja todennäköisesti myös seulonnan laadun vaihtelevuuteen. Tilannetta voitaisiin parantaa esimerkiksi sopimalla kansallisesti yhtenäisestä seulontakäytännöstä.