Korkein hallinto-oikeus antoi 1.2.2005 päätöksen, joka kieltää Uljuan voimalaitoksella harjoitetun lyhytaikaissäännöstelyn kokonaan.
Päätös perustuu Pohjois-Pohjanmaan ympäristökeskuksen elokuussa 1998 vireille panemaan hakemukseen. Korkeimman hallinto-oikeuden päätöksessä säännöstelyä on rajoitettu enemmän kuin mitä ympäristökeskus hakemuksessaan esitti.
Vuonna 1970 käyttöönotetulta Uljuan voimalaitokselta on tähän asti juoksutettu vettä vain osan vuorokautta, yleensä aamulla ja iltapäivällä. Juoksutuksen vaihtelusta on aiheutunut haittaa vesistölle ja sen käytölle. Lyhytaikaissäännöstely on muun muassa lisännyt rantojen syöpymistä etenkin Lamujoen alaosalla, mutta vaikutus on ulottunut myös Siikajokeen. Talvisin juoksutusten vaihtelu on muuttanut joen jäätymisolosuhteita.
Korkeimman hallinto-oikeuden päätöksen mukaan Uljuan tekoaltaasta on vastedes juoksutettava vettä ilman lyhytaikaissäännöstelyä. Juoksutusta saadaan muuttaa vuorokauden sisällä korkeintaan kaksi kertaa niin, että uusi juoksutus on vähintään 80 prosenttia ja enintään 125 prosenttia edellisestä juoksutuksesta. Peräkkäisten vuorokausien keskimääräisen juoksutuksen on noudatettava samaa sääntöä. Lisäksi päätöksessä on rajoitettu jäätymisvaiheen juoksutuksia.
Lämsänkosken padolta on Siikajoen vanhaan uomaan juoksutettava kesällä (15.6.-31.8.) nykyistä enemmän vettä. Juoksutusta on säädettävä tulovirtaaman mukaan niin, että se on enimmillään 3 m3s-1. Vanhaan uomaan rakennettuihin yhdeksään pohjapatoon jouduttaneen juoksutusten lisääntymisen vuoksi tekemään rakenteellisia muutoksia. Ympäristökeskus käynnistää muutostöiden suunnittelun ensi tilassa.
Uljuan voimalaitoksen omistava Vattenfall Oy on vaatinut valtiolta huomattavia korvauksia säännöstelyn rajoittamisesta aiheutuvista menetyksistä. Korkein hallinto-oikeus on päätöksessään kuitenkin katsonut, ettei yhtiöllä ole oikeutta korvauksiin.
Siikajoen vesistön säännöstelystä aiheutuviin haittoihin kiinnitettiin huomiota jo 1980-luvun alussa käynnistyneessä säännöstelyn lopputarkastuksessa. Vuonna 1993 lainvoimaiseksi tulleen lopputarkastuspäätöksen perusteella ympäristökeskus selvitti tarkemmin haittoja ja niiden vähentämismahdollisuuksia. Näihin selvityksiin perustuva monivaiheinen oikeusprosessi on nyt saatu päätökseen.