Kansanterveyslaitos pyrkii seuraamaan entistä tarkemmin rokotteiden haittavaikutuksia. Ilmoituksia kannustetaan tekemään jo pelkän haittavaikutusepäilyn perusteella.
Vuonna 2003 Suomessa annettiin 1,6 miljoonaa rokoteannosta. Haittatapahtumia, joihin terveydenhuollon ammattilainen arvioi rokotteella olevan osuutta, ilmoitettiin kaikkiaan 927. Niistä valtaosa oli paikallisia reaktioita tai kuumetta. Aiemmasta poiketen kuitenkin vakavien haittojen määrä kasvoi.
Haittavaikutusta pidettiin vakavana 59 tapauksessa, mutta kuolemantapauksia tai selkeästi rokotteen aiheuttamia pysyviä vammoja ei todettu.
Huomattava osa haitoista ja pari erityisen hankalaa haittaa liittyi tuberkuloosirokotteeseen. BCG-rokotteen tulevaisuus kaikille vastasyntyneille tarjottavana rokotteena on jo arvioitavana Kansanterveyslaitoksella.
Lisäksi vuodenvaihteessa uudistuneen lasten rokotusohjelman arvellaan vähentävän haittoja ja allergisia reaktioita.