Saksan yläpuolella rahtikoneeseen törmänneen venäläisen matkustajakoneen ohjaaja noudatti sveitsiläisen lennonjohdon kehotusta vähentää korkeutta. Venäläinen Ria-Novosti-uutistoimisto kertoo, että Tupolev-koneen mustan laatikon tietojen mukaan kehotus laskeutua alemmas tuli vain 50 sekuntia ennen törmäystä. Mustan laatikon tietojen mukaan lentäjä toteutti käskyn 25 sekunnin kuluttua sen saamisesta.
Venäläiset ovat jo aiemmin syyttäneet sveitsiläistä lennonjohtoa liian myöhään annetusta varoituksesta. Lennonjohtajien mukaan syy oli koneen ohjaajan, joka ei noudattanut käskyä, joka jouduttiin toistamaan useaan otteeseen.
Samaan aikaan törmäyskurssilla ollut rahtikone sai ohjaamoon automaattisen varoituksen vaarasta ja kehotuksen laskea korkeutta.
Aikaisin tiistaiaamuna sattuneessa turmassa sai surmansa 71 ihmistä.