Raha-automaattiyhdistyksen avustuksia on käytetty osin vastoin lakia. Sosiaali- ja terveysjärjestöt ovat käyttäneet tiettyihin toimintoihin tai hankkeisiin korvamerkittyjä rahoja myös yleiskuluihinsa, kuten hallinnon palkkoihin. Lain mukaan varoja saa käyttää vain avustettavan toiminnan erilliskuluihin.
Valtiontalouden tarkastusviraston raportista ilmenee, että avustusten käyttötarkoitus käy usein huonosti ilmi avustuspäätöksistä. Tämä hankaloittaa avustusten käytön valvontaa.
Raportin mukaan niin kutsuttujen kohdennettujen toiminta-avustusten käyttäminen yleiskuluihin on tyypillistä erityisesti sellaisissa järjestöissä, jotka toimivat olennaisilta osin raha-automaattiavustusten turvin.
Valtiontalouden tarkastusvirasto syynäsi RAY:n myöntämiä yleisavustuksia ja kohdennettuja toiminta-avustuksia vuosilta 2008--2010. Rahallisesti kyse on 180--190 miljoonasta eurosta joka vuosi.
Yleisavustuksia myönnetään merkittäville valtakunnallisesti toimiville sosiaali- ja terveysjärjestöille niiden sääntöjen mukaisen toiminnan pyörittämiseen. Suurimpia avustusten saajia ovat Näkövammaisten keskusliitto, Suomen Mielenterveysseura ja Mannerheimin lastensuojeluliitto.