Pyhäjärven tuloveroprosentti halutaan pitää ennallaan. Pyhäjärven kaupunginhallitus esittää valtuustolle, että vuoden 2006 tuloveroprosentiksi vahvistetaan 19,25 prosenttia, sama kuin tänä vuonna. Vuoden 2006 tuloveron kertymäarvio on noin 11,9 miljoonaa euroa.
Myös kiinteistövero pidetään pääosin vuoden 2005 tasolla. Kaupunginhallitus esittää valtuustolle yleishyödyllisten yhteisöjen kiinteistöveron nostamista nollasta prosentista 0,10 prosenttiin. Voimalaitosten kiinteistöveroprosentin kaupunginhallitus ehdottaa nostettavaksi maksimitasolle. Eduskunnan hyväksynnästä riippuen korotettaisiin voimalaitosten kiinteistövero 1,40 prosentista 2,50.
Muutoin kiinteistöveroprosentit pysyvät vuoden 2005 kaltaisina. Yleinen kiinteistövero on kaupunginhallituksen mukaan 0,70 prosenttia, vakituisissa asuinrakennuksissa 0,45, muissa rakennuksissa 0,90 ja rakentamattomissa rakennuspaikoissa 3,00.