Vuonna 1998 tapahtunut selittämätön rapukato Pyhäjärven pohjoisosissa näyttää jääneen lyhytaikaiseksi.
Voimakkailla istutuksilla rapukantaa on saatu palautetuksi, ja rapu näyttää taas viihtyvän järvessä.
Virallinen istutusohjelma aloitettiin viime vuonna, mutta kalastusalue aloitti omatoimiset istutukset jo vuonna 2000. Rapuja on istutettu yli 10 000. Lisäksi järven eteläosasta on siirretty noin 2 000 rapua vuodessa toiseen päähän järveä.
Istutuksia on tehty Vuohtoniemi-Emoniemi-linjan pohjoispuolella Junttiselällä ja Kirkkoselällä. Koeravustuksissa on saatu tuloksia, jotka osoittavat istutusrapujen kotiutuneen hyvin. EU-rahoitteinen rapukannan palauttamishanke jatkuu vuoden 2004 loppuun. Tavoitteena on istuttaa 6 000-7 000 rapua vuodessa. Koko järvi on ravustuskiellossa.
Vuonna 1997 Pyhäjärvestä saatiin noin 40 000 rapua.
Seuraavana kesänä järven pohjoisosan rapukanta katosi kokonaan. Rapuruttoa ei löydetty, eikä tutkimuksissa löydetty mitään muutakaan syytä rapukadolle.