Valtiontalouden tarkastusviraston mukaan puolustusvoimain THL-tilausvaltuuksien käytössä on ilmennyt puutteita. Tarkastusviraston tarkastuskertomuksen mukaan tilausvaltuuksia on käytetty väärin esimerkiksi ulkomaisilta toimittajilta tehtyjä materiaalihankintoja rahoittamalla. Kyseenalaistetut hankinnat on tehty vuosina 99–2000.
Puolustusministeriön mukaan tilausvaltuuksien käyttöä on jouduttu muuttamaan turvallisuus- ja puolustuspoliittisen selonteon vaatimusten takia.
THL-tilausvaltuuksilla tarkoitetaan puolustusvoimain tutkimustoiminnan ja tilausedellytysten luomiseen tarkoitettua määrärahaa. Vuosille 97–2001 budjetoitujen tilausvaltuuksien suuruus on 2,7 miljardia markkaa.