Perhevapaiden kustannukset heijastuvat sukupuolten välisiin palkkaeroihin niin kauan kuin vapaita käyttävät pääasiassa naiset.
Perhevapaista johtuvien sijais- ja muiden työjärjestelyjen kustannukset vaikuttavat naisvaltaisten alojen palkanmaksukykyyn. Toisaalta pitemmiltä perhevapailta työhön palaavien naisten palkat jäävät jälkeen alan palkkakehityksestä.
Tutkijoiden mielestä perhevapaajärjestelmää pitäisi yksinkertaistaa, jotta isät saataisiin vapaille nykyistä useammin. Nyt perheiden on vaikea arvioida, miten eri vaihtoehdot vaikuttavat heidän talouteensa. Päätöksentekoa perhevapaiden viidakossa helpottaisi myös, jos isille olisi tarjolla nykyistä enemmän nimenomaan heille tarkoitettuja palkallisia ja työnantajalle korvattavia perhevapaita.