Ihmisen aiheuttama suuri ravinnekuormitus vaikuttaa Itämereen. Ympäristömyrkkyjä on kulkeutunut mereen huomattavia määriä, ja veden näkösyvyys on pienentynyt.
Parhaiten voi Perämeri, joka on Itämeren vähätuottoisin alue johtuen sen luontaisesti alhaisesta fosforitasosta. Vähätuottoisuuden takia Perämeren pohjaan laskeutuu vain vähän eloperäistä ainesta.
Merenkurkun kautta vaihtuu runsaasti Perämeren ja Selkämeren välistä vettä. Perämereen tuleva vesi on yhä huonolaatuisempaa, mikä edesauttaa rehevöitymistä, joten Perämeren hyvinvoinnin kannalta Selkämeren tilannettakin pitää tarkkailla jatkuvasti.
Perämeren rehevöitymisongelmat ovat toistaiseksi kuitenkin vain paikallisia.
Itämeren suolaisuus on kerrostunut siten, että suolainen vesi on raskaampana pohjan lähellä, kun taas jokien ja sateiden tuoma makea vesi on keveämpänä pinnalla. Vesi ei pääse helposti sekoittumaan pohjaan asti.
Tästä seuraa usein happikato kun eliöt kuluttavat hapen loppuun, eikä uutta happea pääse pinnasta syvänteisiin.
Pohjanlahti on ainutlaatuinen osa Itämerta sikäli, että Itämeren syvänteiden vähähappinen suolainen vesi ei pääse sinne Saaristomeren ja Ahvenanmeren läpi, eikä täällä ole happikatoja kuten etelämpänä.
Perämeressä ei ole otollisia oloja sinileväkukinnoille. Näitä estää sen alhainen fosforitaso ja lyhyt lämpimän veden kausi.
Paikallisia kukintoja voi syntyä alueilla, joille tulee fosforikuormitusta kuten Oulun edustalla.
Nämä sinilevät ovat kuitenkin yleensä samoja, joita löytyy järvistämme, eikä Itämeren pääaltaan myrkyllistä Nodularia-sinilevää löydy Perämereltä.