Perämeren saarten suojelu etenee myötätuulessa. Eniten saaria on suojeltu rauhoitussopimuksilla, joita tähän mennessä on tehty yhteensä reilulle 620 hehtaarille. Perämeren saarten Natura-alue on Perämeren kansallispuiston ohella tärkeä alue, jossa suojellaan maankohoamisrannikon luontotyyppejä ja lajeja.
Perämeren saarten Natura-alue sisältää kymmeniä saaria ja luotoja sekä niiden ympärillä olevia matalia vesialueita Tornion ja Hailuodon välisellä rannikkoalueella. Alueen kokonaispinta-ala on yli 7 100 hehtaaria, joista yksityisten alueita on noin 5 400 hehtaaria. Suojelun toteutuksesta ovat neuvotelleet ympäristökeskukset ja maanomistajat.
Valtio on hankkinut alueelta maata suojeluun vain yksittäistapauksissa.