Saamelaiskäräjien järjestäytymiskokous äänesti puheenjohtajaksi edelleen Pekka Aikion, joka on johtanut käräjiä niiden perustamisesta, vuodesta 1996 lähtien.
Äänestyksessä Pekka Aikio sai 12 ääntä, vastaehdokas Irja Seurujärvi-Kari 8 ääntä ja lisäksi Nilla Tapiola yhden äänen.
Valinnan yhteydessä puheenjohtaja Pekka Aikio sanoi jatkavansa edelleen työtänsä saamelaisten maaoikeuksien puolesta, mihin hän on tähänkin asti keskittynyt. Saamelaiskäräjien päätoiminen puheenjohtaja valitaan neljän vuoden toimikaudeksi kerrallaan.
Nyt järjestäytyvien saamelaiskäräjien toimikausi on vuosina 2004-2007.