Paavi Benedictus XVI selvisi kuusipäiväisestä vierailustaan kotiseudulleen ilman suurta arvostelua, vaikka vanhoillisen ehdokkaan valinta herätti aikanaan Baijerissa kritiikkiä. Paavi vältteli kiistanalaisia aiheita ja keskittyi puheissaan hengellisiin kysymyksiin.
Katolisen kirkon toisinajattelija teologi Hans Küng piti linjaa taktisesti viisaana. Paavin pitää hänestä kuitenkin tarjota arvostelijoilleen vuoropuhelua. Benedictus teki joka tapauksessa ystävällisyydellään vaikutuksen Küngiin.
Närkästystä herätti paavin puhe, jossa hän arvosteli islamin pyhän sodan käsitettä. Pakistanilaiset uskonnolliset johtajat ja tutkijat ihmettelivät Benedictuksen asennetta.
- Sen sijaan että hän toisi islamia ja kristinuskoa lähemmäksi toisiaan, hän kiristää näiden kahden uskonnon välejä, sanoi tutkija Khursid Ahmed.
Vatikaani antoi myöhemmin lausunnon, jonka mukaan paavilla ei ollut aikomusta loukata islamia. Edustajansa mukaan paavi kunnioittaa islamia, mutta ei hyväksy uskonnollista väkivaltaa.