Ortodoksisten kirkkojen asema ja mukanaolo Kirkkojen maailmanneuvostossa pyritään turvaamaan uusin järjestelyin. Tarkoituksena on, että enemmistöpäätösten sijaan maailmanlaajuisessa kirkkojen ekumeenisessa järjestössä siirryttäisiin konsensusmalliin.
Ehdotus tuli esille maailmanneuvoston ja ortodoksisten kirkkojen välisiä suhteita selvittelevässä erityiskomissiossa, joka oli vastikään koolla Unkarissa. Suomesta mukana olivat Oulun ortodoksinen metropoliitta Ambrosius sekä Mikkelin hiippakunnan piispa Voitto Huotari.
Järjestössä 25 prosentin vähemmistössä olevat ortodoksit ovat tähän saakka joutuneet tyytymään protestanttisen enemmistön ratkaisuihin. Konsensusmalli merkitsisi sitä, että keskeisissä päätöksissä hyväksymisille tarvittaisiin 95 prosentin enemmistö.
Komissiossa korostettiin voimakkaasti myös sitä, että maailmanneuvosto on palvelemassa kirkkoja niiden omissa pyrkimyksissä ekumenian edistämiseksi eikä päinvastoin.
Konsensusmenetelmän käyttöönotto päätöksenteossa merkitsee Ambrosiuksen arvion mukaan myös sitä, että kiistanalaisista sosiaalisista ja eettisistä kysymyksistä ei maailmanneuvostossa enää tehtäisi enemmistöpäätöksiä äänestämällä.
Jyrkkiä näkemyksiä maailmanneuvoston työstä ovat esimerkiksi esittäneet Venäjän ortodoksisen kirkon edustajat. Bulgarian ja Georgian ortodoksikirkot ovat järjestöstä eronneet.
Ortodoksien kritiikin kohteena on ollut muun muassa uskontojen välinen vuoropuhelu, jonka monet katsovat lähenevän uskontojen sekoittumista eli synkretismiä.
Ortodoksit ovat viime vuosina myös esimerkiksi arvostelleet erilaisten seksuaalisten vähemmistöjen oikeuksien ajamista maailmanneuvostossa.