Yhdysvaltain oikeusministeriön mukaan ainakin jotkut kaapattujen koneiden terroristilentäjät ovat saaneet lentokoulutuksensa Yhdysvalloissa.
Useiden kaappaajien henkilöllisyys on liittovaltion poliisin FBI:n tiedossa. Se on kuitenkin kiistänyt tiedon, jonka mukaan iskujen tutkinta olisi jo johtanut pidätyksiin.
Terrori-iskujen toimeenpanijasta ei ole vielä varmaa tietoa, mutta Afganistanissa majailevan saudimiljonääri Osama bin Ladenin nimi on mainitaan edelleen useissa yhteyksissä.