Ympäristöviranomaisten toiminnasta tehdyt Natura-kantelut eivät johda toimenpiteisiin. Oikeuskansleri Paavo Nikula katsoo päätöksissään, että viranomaiset eivät menetelleet virheellisesti tai lainvastaisesti valmistellessaan Natura-päätöstä.
Elokuussa 1998 oikeuskanslerille tehdyissä kanteluissa ympäristöviranomaisia arvosteltiin siitä, miten Natura-verkostoon valittujen alueiden valintaperusteita oli sovellettu.
Kanteluissa epäiltiin, että soveltamisessa olisi joissain tapauksissa ollut jopa ristiriitaa EY:n luonto- ja lintudirektiivin kanssa.
Kaikkiaan oikeuskansleri teki päätöksen viidestä kantelusta, eikä nähnyt yhdessäkään virheitä viranomaisten työssä tai tarvetta purkuesityksen tekemiselle.
Ratkaisuja kanteluihin on odotettu, sillä niiden takia Natura-verkoston viimeisimmän täydennysehdotuksen valtioneuvosto-käsittelyä siirrettiin viime keväänä.