Vaelluskalojen palauttaminen voimalaitoksilla pilkottuihin jokiin nähdään yhtenä tärkeimmistä vesienhoidon tavoitteista Pohjois-Pohjanmaalla ja Kainuussa.
Parhaillaan lausuntokierroksella olevassa yhteenvedossa Oulujoen ja IIjoen vesienhoitoalueen keskeisistä kysymyksistä kärkeen nousee myös hajakuormituksen torjunta.
Yhteenvedossa todetaan, että suurten jokien voimalaitosrakentaminen muutti jokien luonteen täysin. Vuosikymmeniä kestäneen keskustelun jälkeen yleinen tahtotila on nyt kalojen ja muiden vesieliöiden vapaan liikkumisen turvaamisen puolella. Kalateitä vaaditaan yhä kuuluvammin esimerkiksi Oulujoelle.
Oulujoessa on seitsemän voimalaitosta ja Oulujärven yläpuolisilla reiteillä 11. Lentuaa ja Lammasjärveä lukuunottamatta kaikki Oulujoen vesistön suurimmat järvet ovat säännösteltyjä.
IIjoella säännöstely heikentää muutamien suurten järvien tilaa. Kalajoen keski- ja yläosa on muutettu patoaltaiden ketjuksi ja myös Siika- ja Pyhäjokea säännöstely on muuttanut rajusti.
Maatalouden aiheuttama hajakuormitus on suurinta Kalajoessa ja Temmesjoen vesistössä. Haitat ovat selvät myös Siika- ja Pyhäjoissa. Vaikka työtä maatalouden aiheuttaman hajakuormituksen vähentämiseksi on tehty paljon, näillä alueilla olevien vesien käyttökelpoisuus ei vielä ole parantunut.
Turvetuotanto rasittaa vesiä etenkin hoitoalueen pohjoisosissa. Metsätalouden vesiä kuormittava vaikutus tuntuu selvimmin Kainuun itä- ja pohjoisosissa.
Suurteollisuuden kuormittava vaikutus kohdistuu Perämeren rannikolle ja Oulujärveen. Teollisuuden tavoitteena on ollut vähentää ravinnepäästöjä 50 prosentilla 1990-luvun alun tasosta. Pohjois-Pohjanmaan ympäristökeskuksen alueella teollisuuden ravinteet ovat vähentyneet kymmenessä vuodessa noin 40 prosenttia.
Pohjavettä riittää vesienhoitoalueella hyvin ja sen laatu on keskimäärin erinomainen.