Nordea on voittanut myös hovioikeudessa oikeuskiistan kuntien lainojen marginaaleista. Oikeus katsoi, että pankilla oli oikeus korottaa lainojen marginaaleja 0,75 prosenttiyksikköä keväällä 2009.
Korotuksen taustalla oli pankin ilmoituksen mukaan se, että varainhankinnan kustannukset olivat nousseet ennakoimattomalla tavalla kansainvälisen talouskriisin vuoksi. Oikeus yhtyi pankin esittämään näkemykseen.