Nikkeli on haitallinen terveydelle.
Hengitettynä nikkelihiukkaset voivat jäädä keuhkoihin ja aiheuttaa syöpää. Raskasmetallit aiheuttavat kuitenkin vain murto-osan keuhkosyövistä verrattuna esimerkiksi tupakan aiheuttamiin syöpätapauksiin.
Nikkelipöly ja -höyry ovat työterveysongelmia teollisuudessa ja kaivoksissa.
Nikkelille allergisoituminen on hyvin yleistä. Sen vuoksi EU on rajoittanut nikkelidirektiivillä nikkelin käyttöä esimerkiksi koruissa ja napeissa.
Ihmiselimistö tarvitsee nikkeliä, mutta vain hyvin vähän. Sitä on esimerkiksi eräissä papulajeissa ja teessä.