Paavo Lipposen (sd.) toisessa hallituksessa on jäljellä enää neljä ministeriä, jotka olivat mukana myös Lipposen ensimmäisessä hallituksessa.
Pääministeri on ainoa, joka on pysynyt koko ajan samalla paikalla. Mukana ovat pysyneet valtiovarainministeri Sauli Niinistö (kok.), puolustusministeri Jan-Erik Enestam (r.) ja kauppa- ja teollisuusministeri Sinikka Mönkäre (sd.). Mönkäre oli edellisessä hallituksessa sosiaali- ja terveysministerinä. Niinistö aloitti oikeusministerinä ja Enestam oli viime vaalikaudella sisäministerinä.
Edellisen hallituksen aikana joutui eroamaan ministeri Arja Alho (sd.), Sundqvist-jupakan takia, ja hänen tilalleen valittiin Jouko Skinnari (sd.). Liikenneministeri Matti Auran (kok.) eroon johti Soneran osakeannin ympärille syntynyt kuohunta. Paikan peri Kimmo Sasi (kok.).
Valtiovarainministeri Iiro Viinanen (kok.) lähti hallituksesta ja siirtyi yrityselämään. Ura vakuutusyhtiö Pohjolassa jäi lyhyeksi.
Kulttuuriministeri Claes Andersson (vas.) luovutti paikkansa Suvi-Anne Siimekselle, kun tästä tuli vasemmistoliiton puheenjohtaja. Matti Aura nousi hallitukseen, kun hänen edeltäjänsä Tuula Linnainmaa (kok.) oli siirtynyt maaherraksi.
Oikeusministerin paikalla oli paljon vaihtelua; ensin Niinistön tilalle tuli Kari Häkämies (kok.), joka kuitenkin lähti Kuopion kaupunginjohtajaksi, jolloin paikalle tuli vuodeksi Suomen Yrittäjistä Jussi Järventaus (kok.).
Eduskuntavaaleissa 1999 kolme istuvaa ministeriä putosi. Ympäristöministeri Pekka Haavisto (vihr.) ei saanut paikkaansa uusittua, ei myöskään ministeri sosiaali- ja terveysministeriössä, Terttu Huttu-Juntunen (vas.), eikä puolustusministeri Anneli Taina (kok.).
Ministerit Skinnari ja Jouni Backman (sd.) siirtyivät vaalien jälkeen rivikansanedustajiksi. Kauppa- ja teollisuusministeri Antti Kalliomäestä tuli eduskuntaryhmän puheenjohtaja, työministeri Liisa Jaakonsaaresta ulkoasiainvaliokunnan puheenjohtaja.
Nykyisen hallituksen aikana hallituksesta on lähtenyt ulkoministeri Tarja Halonen (sd.), josta tuli presidentti. Paikan peri kauppa- ja teollisuusministerinä aloittanut Erkki Tuomioja (sd.), jolloin Mönkäre jätti työministerin tehtävät Tarja Filatoville (sd.).
Häkämies jätti sisäministerin paikan syyskuussa 2000, jolloin paikalle nousi tuleva kokoomuksen puheenjohtaja Ville Itälä. Liikenne- ja viestintäministeri Olli-Pekka Heinonen lähti Yleisradioon, jolloin hänen tilalleen tuli Sasi. Ulkomaankauppaministeriksi arvottiin Jari Vilén (kok.), kun äänestys meni eduskuntaryhmässä tasan Vilénin ja kansanedustaja Paula Kokkosen (kok.) välillä.
Maatalousministeri Kalevi Hemilä (sit.) lähti hallituksesta helmikuussa siirtyäkseen Elintarviketeollisuusliittoon. Tilalle rekrytoitiin Osuuspankkikeskuksesta Raimo Tammilehto (sit.), jonka vierailu hallituksessa jäi vajaan neljän kuukauden mittaiseksi.
Peruspalveluministerin paikalla vuorottelivat Eva Biaudet (r.) ja Osmo Soininvaara (vihr.). Soininvaaran sisävuoro päättyi hieman ennen kuin vihreiden hallitustaival loppui tältä kertaa. Ympäristöministeri Satu Hassi (vihr.) jätti hallituksen vihreiden kärsittyä tappion ydinvoimaäänestyksessä.
Hassin seuraajaa etsittäessä vaihtoon meni myös maatalousministeri. Ympäristöministeriksi tuli Jouni Backman, maatalousministerin paikka meni kokoomuksen Jari Koskiselle.
Ministerinvaihtoviikko päättyi perjantaina, jolloin Backman ja Koskinen nimitettiin presidentin esittelyssä. Samana päivänä kokoomus valitsi uudeksi kulttuuriministeriksi Kaarina Drombergin, joka korvaa golfjupakkaansa sotkeutuneen Suvi Lindénin.