Magneettiraita voi tuhoutua, jos esimerkiksi pankkikortti joutuu kassalla hälytyslaitteen päälle. Tuhoutuminen saattaa olla mahdollista myös, jos tuotteen hintalapussa on hälytin ja magneettijuova koskettaa hintalappua.
Kahden kortin vastakkain olevat magneettinauhat voivat tuhota toisensa.
Röntgenkuvaus sairaalassa tai lentokentän turvatarkastuksessa ei vahingoita magneettiraitaa, koska se ei ole säteilyherkkä. Magneettiröntgenissä taas magneettiraita on entinen.
Turvatarkastuksien metallinilmaisinportit ja käsilaitteet eivät vaikuta magneettiraitoihin.
Magneettiraitaa ovat vaurioittaneet myös naarmut. Korttihöylien poistuttua naarmuttuminen on vähentynyt.