Suomessa säännöllisesti tavattavista lintulajeista merisirrin esiintyminen on erikoisimmasta päästä. Vaikka Norjan tuntureilla pesii arviolta noin 15 000 merisirriparia, on laji meillä kelpuuttanut pesimäseudukseen vain Haltin seudun tunturit.
Pesimäkannaksemme arvioidaan 50-100 paria.
Syysmuuttoaikana merisirri ei kuitenkaan ole Suomessa harvinaisuus, sillä rannikkoamme pitkin muuttaa pieni osa Norjan ja Kuolan niemimaan linnuista.
Pohjois-Pohjanmaalla merisirri on jokavuotinen, mutta harvinainen vieras. Päämuuttoaikaa on lokakuu, mutta joinain vuosina kiireisimmät muuttajat havaitaan jo syyskuussa. Marraskuussa muutto on jo ohi.
Perämeren rannoilla varmin paikka tavata merisirri on Hailuoto. Sisämaassa merisirri on suurharvinaisuus koko Suomessa.
Merisirri talvehtii Itä- ja Pohjanmeren rannoilla. Suomen tunnetuin talvehtimispaikka on Korppoon Jurmon saari, missä voi parhaimmillaan lepäillä 200-300 merisirriä.
Kevätmuutolla merisirri on Suomessa paljon harvinaisempi kuin syksyllä.
Tänä syksynä merisirrejä on nähty Pohjois-Pohjanmaalla toistaiseksi vain kahdesti.