Museovirasto on antanut vastineensa Pohjois-Pohjanmaan ympäristökeskukselle Hailuodon kunnan tekemästä valituksesta. Museovirasto on edelleen samalla kannalla kuin ympäristökeskus, että Marjaniemen majakan alue ja sen rakennukset on suojeltava.
Hailuodon kunta esitti vuonna 2007, että ympäristökeskus ei suojelisi Majakan ympäristöä majakkarakennusta lukuunottamatta.
Viraston mielestä Marjaniemen majakalla ja merenkulkuun liittyneellä yhdyskunnalla on huomattavaa valtakunnallista merkitystä merenkulun historiaan sekä rakennushistoriaan ja -tekniikkaan liittyen. Koko Hailuoto on valtakunnallisesti merkittävä kulttuurihistoriallinen ympäristö ja yksi 27 kansallismaisemasta.
Museoviraston mielestä ympäristökeskuksen tekemää suojelupäätöstä ei pidä nähdä asemakaavatyötä vaikeuttavana, vaan sitä tukevana toimena. Se yhtyy Pohjois-Pohjanmaan ympäristökeskuksen tekemän päätöksen perusteluihin ja esittää, että ympäristöministeriö vahvistaa Marjaniemen majakka- ja luotsiyhdyskunnan rakennusten ja alueen suojelun päätöksen mukaisesti.