Suomen muikkukannat ovat Riista- ja kalatalouden tutkimuslaitoksen mukaan keskimääräisellä tasolla. Eteläisessä Suomessa muikun kutukannat taantuivat syksyllä 2006, kun taas Oulun ja Lapin läänien järvissä muikun kutu oli viime syksynä keskimääräistä parempi.
Suomen muikkukannoissa ei ole tapahtunut suuria muutoksia parin viime vuoden aikana. Tämän vuoden muikkusaalista ennustetaan kohtalaista.
Muikun markkinoinnissa on viimeisen vuoden aikana ollut vaikeuksia Itä-Suomessa ja Oulun läänin alueella, minkä vuoksi kolmannes alueiden kalastajista joutui viime kesänä rajoittamaan pyyntiään. Talvella muikku meni hyvin kaupaksi, sillä huono jäätilanne vaikeutti kalastusta.
Ensi vuoden muikkusaaliin koko riippuu tämän kevään aikana syntyvien muikkujen määrästä. Vuosiluokan suuruudesta ei vielä ole varmuutta, mutta kalatalouden tutkijat arvioivat sen olevan kooltaan vähintään keskinkertainen.
Muikku on silakan jälkeen tärkein ammattikalastuksen saaliskala.