Innovaatioyliopistohankkeelle on asetettu johtoryhmä. Opetusministeri Sari Sarkomaan (kok.) asettaman ryhmän puheenjohtajana toimii valtiosihteeri Heljä Misukka. Ryhmä ohjaa innovaatioyliopistoprojektia.
Uuteen yliopistoon on tarkoitus yhdistää Helsingin kauppakorkeakoulu, Teknillinen korkeakoulu ja Taideteollinen korkeakoulu. Tavoitteena on kansainvälisesti kilpailukykyinen huippuyliopisto. Uusi yliopisto on tarkoitus käynnistää elokuussa 2009.
Johtoryhmää tukee valmisteluryhmä, jonka puheenjohtajana toimii Anita Lehikoinen opetusministeriöstä. Valmisteluryhmä laatii syyskuun aikana johtoryhmälle esityksen innovaatioyliopistohankkeen toteuttamisesta.