Indonesian puolustusministeri Matori Abdul Djalil sanoo olevansa vakuuttunut siitä, että Balin pommi-isku oli al-Qaida-verkoston työtä. Ministerin mukaan pommi-iskusta epäilty mies on ääri-islamilaisen Jemaah islamiah -järjestön jäsen. Järjestöllä epäillään olevan yhteyksiä al-Qaidaan.
Mies on tunnustanut auttaneensa tuhoisan autopommin tekemisessä ja sanonut, että sen tarkoituksena oli tappaa amerikkalaisia.
tekijöiden uskotaan olevan islamilaisen uskonoppineen Abu Bakar Bashirin oppilaita. Tutkijat löysivät myöhemmin ainejäämiä paikasta, jossa epäillyn mukaan pommia tehtiin. Iskussa kuoli yli 190 ihmistä.