Metsähallituksen luontopalvelut organisoituu vuoden 2006 alussa kolmeen alueyksikköön ja niitä leikkaaviin prosesseihin. Prosessit ovat luonnonsuojelu, luonnon virkistyskäyttö, alueiden hallinta ja eräasiat.
Luontopalvelut hoitaa Metsähallituksen julkisia hallintotehtäviä. Niitä ovat valtion suojelu- ja muiden alueiden hoito, uhanalaisten lajien suojelu, maksuttomien retkeilypalvelujen tuottaminen, erävalvonta, kalastus-, metsästys- ja maastoliikennelupien myöntäminen, metsäpuiden siementen varmuusvarastointi sekä uittoon liittyvät tehtävät.
Uuden organisaation alaisiin tehtäviin on nimetty henkilöt ensi vuoden alusta alkaen. Alueellisina yksikköinä ovat Etelä-Suomen, Pohjanmaan ja Lapin luontopalvelut.