Meritaimenta uhkaa edelleen häviäminen Suomen vesistä. Ilman tehokkaita hoitotoimia nykyisten luonnonkantojen häviämisriski on erittäin suuri, painottaa Riista- ja kalatalouden tutkimuslaitos.
Suomen rannikon alkujaan noin kuudestakymmenestä meritaimenjoesta luontainen meritaimenkanta on jäljellä alle kymmenessä jokivesistössä.
Vaikein ongelma meritaimenille on vaelluspoikasten suuri kuolevuus ensimmäisen merivuoden aikana. Tämä johtuu pääasiassa luonnonolojen vaihtelusta, mutta taimenia karsii myös liiallinen kalastus.
Useimpien meritaimenjokien tilaa on mahdollista parantaa vesiensuojelulla, kunnostuksilla ja kalaportailla.