Suomen merimuseon sukeltajayhdistykselle maksamat palkat ja korvaukset ovat herättäneet epäilyjä. Merimuseon rahankäyttö on tutkittavana sekä oikeuskanslerilla että Valtiontalouden tarkastusvirastossa.
Merimuseo on maksanut sukeltajayhdistys Teredo Navalis ry:lle kymmeniätuhansia euroja kulukorvauksia ja sen jäsenille palkkoja osallistumisesta merimuseon tutkimusleireille, vaikka yhdistys on vakuuttanut tekevänsä pyyteetöntä vapaaehtoistyötä. Oikeuskanslerille kantelun tehneiden sukeltajien mielestä yhdistyksen suosiminen on estänyt joidenkin muiden, aidosti vapaaehtoispohjalta toimivien meriarkeologian harrastajien mahdollisuudet osallistua tutkimusleireille.
Oikeuskanslerinvirasto on pyytänyt Museovirastolta museon toiminnasta selvitystä, jonka Museovirasto on antanut. Selvityksessään se kiistää, että palkkoja tai korvauksia olisi maksettu väärin perustein.
Teredo Navaliksen puheenjohtaja Leo Teräväinen katsoo, ettei yhdistyksen joidenkin jäsenien palkkaaminen merimuseon leireille liity yhdistyksen toimintaan. Aluksen käytöstä vaadittuja korvauksia hän pitää asevelitasoisina ja huomauttaa, että yksityissektorilta hankitun vastaavanlaisen aluksen korvaukset olisivat suuremmat.