Keravan ja Lahden välisen oikoradan käyttöönotto ensi sunnuntaina 3. syyskuuta nopeuttaa hieman myös VR:n pohjoiseen tulevia junia ja muuttaa aikataulut. Kaukoliikenteen junavuorot lisääntyvät viidellä prosentilla koko maassa. Merkittävä muutos Pohjois-Suomen kannalta on myös aikaisempaa paremmat Pendolino-junavuorot Oulun ja Helsingin välillä.
Junien lähtö- ja tuloajat muuttuvat kokonaan sunnuntaista alkaen. Esimerkiksi aamujuna Oulusta Helsinkiin lähtee vasta kello 5.46, eli reilua tuntia myöhemmin kuin tähän saakka. Perillä Helsingissä juna on kello 11.27.
Kokonaan uusi Pendolino-vuoro lähtee Helsingistä iltapäivällä kello 15.33 ja on Oulussa puoli kymmeneltä illalla. Oulusta Helsinkiin pääsee Pendolinolla kello 15.37, ja juna on perillä vähän ennen puoli kymmentä. Matka kestää viisi tuntia 50 minuuttia. VR uskoo näiden vuorojen palvelevan nykyistä paremmin muun muassa työmatkoilla Oulun ja Helsingin välillä kulkevia.
Oulusta ei lähde syksyllä junaa kello 17.45 Helsinkiin, vaan iltapäivän toinen vuoro lähtee kello 15.53 ja seuraava kello 21.35. Illalla Helsinkiin lähtevät vielä vuorot kello 23.10 ja 23.59.
Oulun ja Helsingin välinen yhteys nopeutuu uusissa aikatauluissa kolmella minuutilla ja on nopeimmillaan viisi tuntia ja 41 minuuttia. Junavuorojen määrä lisääntyy välillä nykyisestä 20:sta 22:aan.
Oulun ja Turun väliä alkaa kulkea syyskuussa suora pikajunapari.
Helsingin ja Rovaniemen välinen matka nopeutuu sunnuntaina 31 minuutilla. Nyt juna syöksee nopeimmillaan yhdeksän tuntia 48 minuuttia, mutta sunnuntaista lähtien matka kestää kahdeksan tuntia 17 minuuttia. Toiseen Helsingin ja Rovaniemen välisistä yöjunavuoroista tulee uudet kaksikerroksiset makuuvaunut.
Ensi vuoden alusta lähtien Helsingistä Rovaniemelle pääsee kuitenkin kymmentä minuuttia hitaammin kuin syksyllä. Syynä on Kajaanin-radan muuttuminen sähköiseksi 7. tammikuuta 2007 alkaen, mikä aiheuttaa Rovaniemen-juniin jonkin verran aikataulumuutoksia.
Lahden oikorata vaikuttaa eniten Itä-Suomen yhteyksiin. Helsingin ja Kajaanin välillä matkustusaika lyhenee vajaalla tunnilla seitsemästä tunnista ja kahdesta minuutista kuuteen tuntiin kahdeksaan minuuttiin.
Kajaanin-radan sähköistys nopeuttaa matkaa vielä lisää. Ensi vuonna Kajaanin ja Helsingin välinen matka kestää nopeimmillaan vain viisi tuntia 40 minuuttia. Vuorojen määrä tällä välillä lisääntyy ensi vuoden tammikuussa nykyisestä kahdeksasta kymmeneen, mutta loppuvuonna yhteyksiä on vain seitsemän.
VR lakkauttaa yöjunaliikenteen Helsingistä Kouvolan ja Kajaanin kautta Ouluun. Liikenne- ja viestintäministeriön vähäkäyttöiset ostoliikennevuorot korvataan päiväjunilla. Kajaanista pääsee kuitenkin yhteysjunalla Ouluun, josta voi jatkaa yöjunalla Helsinkiin. Kajaanin ja Oulun välinen junaliikenne kasvaa syksyllä neljästä vuorosta viiteen.
Lauantaina loppuu myös suora yöjunaliikenne Kemijärvelle, koska käyttöön otettua uutta kalustoa ei voida käyttää sähköistämättömällä radalla. Jatkoyhteysjuna kulkee Kemijärvelle tämän vuoden loppuun, ja sen jatkosta neuvotellaan.
Kaukojunat eivät pysähdy enää tietyillä asemilla, joita pohjoisessa ovat Kuivaniemi ja Ii.