Maatalous on Suomen osalta edelleen Itämeren suurin kuormittaja. Samalla teollisuuden ja asutusten fosforipäästöt ovat vähentyneet yli puolella.
Ratkaisua vesistöjen ravinnekuormitukseen on haettu ympäristöohjelmilla ja EU:n ympäristötuilla, mutta suurempi hyöty saavutetaan Valtiontalouden tarkastusviraston selvityksen mukaan taloudellisilla tukijärjestelmillä.
VTT:n raportin mukaan Itämeren pahin ongelma ovat ympäristömyrkyt, kuten raskasmetallit ja öljy, ja vesistön rehevöityminen. Rehevöityminen johtuu lähinnä typen ja fosforin päästöistä ja aiheuttaa muun muassa levien lisääntymistä ja kalakannan harvenemisen.
Fosforikuormituksesta peräti 76 prosenttia on peräisin hajakuormituksesta eli pelloilta, metsistä ja haja-asutusalueilta.
Teollisuuden ja asutusten osalta kehitys on ollut valoisampaa. Typpikuorimitus on kuitenkin vähentynyt 1980-luvun lopulta lähtien vain 21 prosenttia.