Vesien laatu järvissä ja joissa on parantunut Euroopassa, mutta maataloudesta tuleva kuormitus uhkaa heikentää vesien tilaa. Jos maatalous voimaperäistyy EU:n laajentumisen jälkeen, myönteinen kehitys todennäköisesti katkeaa, varoittaa Euroopan ympäristökeskus EEA.
EEA:n tuore raportti kertoo, että vesistöjä rehevöittävän typen pitoisuudet ovat korkeimmat niissä Länsi-Euroopan maissa, joissa harjoitetaan laajalti maataloutta.
Maataloudesta peräisin olevia torjunta-aineita esiintyy raportin mukaan huolestuttavassa määrin pinta- ja pohjavesissä sekä juomavedessä. EEA:n mukaan saatavilla olevista tiedoista ei voi kuitenkaan päätellä pitkän aikavälin kehitystä. Suomen ympäristökeskuksen (Syke) mukaan myös Suomessa vesien torjunta-ainepitoisuuksia on tutkittu hyvin vähän.
Suomessa maatalouden vesiensuojelua on Syken mukaan kohennettu muun muassa siten, että lannoitteiden käyttöä on vähennetty ja vesistöjen varsille on perustettu suojavyöhykkeitä. Vesiensuojelun tulokset näkyvät kuitenkin hitaasti. Maa- sekä metsätaloudesta pääsee Syken mukaan yhä liikaa ravinteita vesistöihin.